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Covid-19 : vers une amélioration du séquençage du virus en Afrique

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Covid-19 : vers une amélioration du séquençage du virus en Afrique

Covid-19 : vers une amélioration du séquençage du virus en Afrique

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La pandémie de Covid-19 a donné un coup d’accélérateur au développement des capacités de la surveillance épidémiologique et génomique en Afrique, amorcée dans les années 2000 pour faire face à la menace d’une pandémie de grippe aviaire sous l’égide de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), des Centres de contrôle des maladies (CDC) des Etats-Unis, de l’Institut Pasteur ou encore du Wellcome Trust. « Au début de la pandémie, il n’y avait pas de surveillance en Afrique, même si certains laboratoires pouvaient séquencer le SARS-CoV-2. A la fin de l’année 2020, l’OMS a décidé de construire le premier réseau de séquençage du virus, de manière à ce que chaque région d’Afrique soit représentée, explique la virologue Hieronyma Nelisiwe Gumede-Moeletsi du bureau africain de l’OMS. Nous n’en sommes qu’au début de ce réseau, mais, à mesure que l’urgence se précise avec l’émergence de nouveaux variants, les pays africains réalisent qu’ils doivent développer leurs propres capacités de séquençage », précise t-elle.

« Il y a une volonté internationale de développer le séquençage avec un rôle très important joué par l’Afrique du Sud. Toute la chaîne est importante, depuis la collection des échantillons jusqu’à leur acheminement vers les centres spécialisés, ce qui nécessite de pouvoir détecter les cas positifs à l’échelle de l’ensemble de l’Afrique, puis d’avoir une montée en puissance des capacités d’analyse et de séquençage, renchérit la virologue Sylvie Van der Werf, de l’Institut Pasteur. Cette montée en puissance ne peut être que progressive, ajoute-t-elle. L’Afrique du Sud a une tradition de surveillance de la grippe de longue date, ce qui a certainement joué un rôle dans l’identification du variant Beta. D’autres pays, comme le Nigeria, le Sénégal et l’Ouganda, possèdent également des capacités qui manquent ailleurs, comme en Mauritanie ou au Burkina Faso. »

« Séquencer cinq fois plus »

La qualité des réseaux de surveillance épidémiologique est déterminante pour la détection précoce des variants car elle permet à la fois le suivi de l’évolution de l’épidémie et la détection de signaux d’alerte tels que l’existence de chaînes atypiques de transmission du virus ou une augmentation inattendue du taux d’hospitalisation ou de décès.

Cette surveillance est défaillante à l’échelle du continent africain et, au 15 octobre 2021, l’OMS estimait que les 8,4 millions de cas officiellement détectés ne représentaient que 1/7e du nombre réel d’infections. Seuls 70 millions de tests ont été réalisés pour une population de 1,3 milliard d’habitants. Le séquençage est par ailleurs accompli dans un nombre limité de centres de référence, dont ceux du réseau de surveillance génomique pour l’Afrique du Sud (NGS-SA), l’Institut Pasteur de Dakar ou encore le Kenya Medical Research Institute. Malgré un maillage homogène du territoire sud-africain permettant un échantillonnage représentatif du territoire, les capacités du NGS-SA restent inférieures à celles des pays du Nord. « Nous séquençons des échantillons prélevés dans différentes régions et dans différents districts, car notre capacité de séquençage est de seulement 600 à 700 échantillons par semaine contre 10 000 au Royaume-Uni. Il y a une telle diversité de génomes ici qu’il faudrait que nous puissions séquencer cinq fois plus », témoigne le bio-informaticien Darren Martin, de l’université du Cap.

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