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Microbiote : des bonnes bactéries pour toute la vie !

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Microbiote : des bonnes bactéries pour toute la vie !

Microbiote : des bonnes bactéries pour toute la vie !

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La colonisation de l’intestin débute le jour de la naissance

Cette santé du microbiote intestinal est l’affaire de toute une vie. Car la colonisation de l’intestin débute le jour de la naissance ! Une étude parue en mai 2021 dans Nature Microbiology vient de le confirmer. Si elle réfute l’hypothèse de l’existence d’un microbiote placentaire, suggérée dans une étude de 2014, elle montre que « le fœtus peut rencontrer des métabolites issus du microbiome (matériel génétique présent dans le microbiote, ndlr) maternel, prévient Nadine Cerf-Bensussan. Une étude chez la souris publiée dans Science en 2016 a ainsi montré que des métabolites peuvent traverser le placenta et favoriser le développement de la barrière immune intestinale du nouveau-né ».

Ce sont, plus largement, les 1000 premiers jours de la conception aux 2 ans de l’enfant qui vont avoir une influence majeure sur le développement de cet écosystème. En effet, comme la mère transmet les premières bactéries à son enfant, plus le microbiote de cette dernière sera riche, plus celui du bébé se construira sainement. Autre facteur déterminant, le mode d’accouchement : lors d’une naissance par voie basse, le microbiote de l’enfant s’enrichit au contact des bactéries vaginales, tandis que lors d’une césarienne, ce sont les bactéries de l’environnement (notamment du personnel soignant, ainsi que celles de la peau de la mère) qui vont coloniser le tube digestif. Cette différence va s’estomper en quelques mois, mais les enfants nés par césarienne conservent malgré tout un léger sur-risque de développer des maladies de l’immunité, telles que les allergies.

Des bactéries plein la peau

Tous les microbiotes cutané, pulmonaire, vaginal, urinaire et intestinal jouent un rôle barrière très important et participent à l’éducation du système immunitaire grâce à leurs interactions avec de nombreux microbes. C’est notamment le cas des 1000 milliards de micro-organismes qui vivent sur la peau. Par exemple, Staphylococcus epidermidis, l’une des bactéries prépondérantes du microbiote cutané, est nécessaire pour que s’exprime une cytokine essentielle dans les réponses immunitaires protégeant contre les bactéries pathogènes invasives, telles que les streptocoques du groupe A, responsables notamment de l’impétigo, et les infections à Candida, à l’origine de mycoses. Comme dans l’intestin, une dysbiose au niveau cutané favorise l’émergence de bactéries pathogènes et un dérèglement des réponses immunitaires qui peuvent être à l’origine de maladies de la peau comme la dermatite atopique, l’acné ou encore le psoriasis. En outre, le microbiote cutané est en lien avec son homologue intestinal via la bouche, mais aussi avec le microbiote pulmonaire via les muqueuses du nez. Pour traiter la dermatite atopique et le psoriasis, une piste de recherche consiste donc à restaurer l’équilibre du microbiote cutané mais aussi intestinal, notamment par transplantation fécale.

Le mode d’alimentation du nourrisson va lui aussi moduler la composition de la flore. Le lait maternel contient des oligosaccharides, des glucides complexes qui nourrissent exclusivement le microbiote intestinal de l’enfant. Une étude parue dans Cell en juillet 2021, menée par des chercheurs du Karolinska Institute à Stockholm (Suède), « suggère que certaines des bifidobactéries (bactéries lactiques ayant des capacités probiotiques, ndlr) qui colonisent l’intestin des enfants allaités au sein modulent le développement des réponses immunes au cours des premiers mois de vie et favorisent des réponses immu-norégulatrices », relate Nadine Cerf-Bensussan. S’il reste à démontrer que la présence de ces bactéries exerce un effet protecteur, plusieurs études chez la souris montrent que la composition du microbiote intestinal avant le sevrage détermine le risque de développer des maladies allergiques ou des colites inflammatoires à l’âge adulte. Pour compenser partiellement ce déficit en bifidobactéries, supplémenter l’alimentation des nouveau-nés en « bonnes bactéries » ou en oligosaccharides serait une piste. Des fabricants de lait industriel ont déjà repéré le filon, et commencent à commercialiser des produits enrichis en sucres du lait maternel. Pour le moment, ces derniers ne bénéficient cependant d’aucune recommandation officielle, faute de données suffisamment solides. Le marché propose aussi des laits maternisés contenant des souches probiotiques de lactobacilles et de bifidobactéries.

Diversification alimentaire : entre le 4e et le 6e mois

Autre étape essentielle : la diversification alimentaire. Comme l’a expliqué Alexandre Mosca, pédiatre à l’hôpital Robert-Debré (Paris), lors d’une conférence en octobre 2020, « elle doit débuter à partir du quatrième mois révolu et pas plus tard que le sixième mois. C’est une fenêtre extrêmement importante à respecter : une diversification commencée trop tôt ou trop tard influe négativement sur l’éducation du microbiote intestinal, et donc du système immunitaire ». L’introduction de la nourriture solide multiplie le nombre de bactéries intestinales d’un facteur dix à cent ! Une explosion qui déclenche une très forte réaction immunitaire. Si cette réaction au sevrage ne s’effectue pas correctement, elle laisse une « empreinte pathogénique » qui se traduit, là encore, par une susceptibilité accrue à l’âge adulte à des maladies inflammatoires telles que les colites de l’intestin. « Même chez les enfants ayant des antécédents d’allergie, il ne faut pas avoir peur d’adopter l’alimentation la plus variée possible », insiste Alexandre Mosca. Et en cas de refus, les parents ne doivent pas baisser les bras ! Le comité d’experts Nutrition humaine de l’Anses préconise de « proposer quotidiennement des aliments différents » à son enfant et de « présenter huit à dix fois un aliment initialement refusé ».

Le nombre de bactéries augmente jusqu’à 5 ans

Enfin, dans cette fameuse période des 1000 jours, le microbiote intestinal se portera d’autant mieux que la consommation d’antibiotiques sera modérée. Cette classe de médicaments a en effet pour mission d’éliminer les bactéries responsables d’une infection. Mais ce faisant, ils exterminent bien d’autres microorganismes, ceux-là bénéfiques. Plus l’antibiotique est à large spectre, plus l’hécatombe est importante.

Tout n’est cependant pas joué autour des 2-3 ans de l’enfant. Afin de savoir comment la flore intestinale évolue dans le temps, des chercheurs suédois ont observé celle d’enfants entre 3 et 5 ans. Leurs résultats, publiés en mars dernier dans Cell Host Microbe, confirment que les bactéries majoritaires dans le microbiote intestinal des adultes prédominent dès l’âge de trois ans. Lisa Olsson, co-autrice de l’étude, tempère cependant : « Des genres bactériens moins abondants augmentent jusqu’à l’âge de cinq ans. »

Et bien plus tard ? Le vieillissement, lui aussi, peut s’accompagner d’une dysbiose (déséquilibre du microbiote) : les bactéries pro-inflammatoires gagnent du terrain, le système immunitaire devenant plus fragile. Entre ces deux extrémités de la vie, plusieurs facteurs affectent le microbiote : la consommation régulière d’antibiotiques mais aussi d’autres médicaments comme les anti-diabétiques, l’activité physique, le stress chronique. Prendre soin de son microbiote n’est donc pas réservé aux enfants ou aux personnes âgées ! « Le levier clé, c’est incontestablement l’alimentation », déclare Nadine Cerf-Bensussan. Les premiers aliments à privilégier, ce sont les fruits et légumes, ainsi que les céréales et les légumineuses à cause de leur forte teneur en fibres. Pour les digérer, certaines de nos bactéries produisent des acides gras à chaîne courte qui ont des effets anti-inflammatoires. À l’inverse, une alimentation peu riche en fibres modifie le métabolisme du côlon au profit des bactéries pro-inflammatoires. « Mais les fruits et légumes ne sont pas les seuls pourvoyeurs de fibres », lance Laetitia Proust-Millon, diététicienne-nutritionniste à Bordeaux. Plusieurs familles de prébiotiques (molécules favorisant le développement des micro-organismes) enrichissent aussi la flore : les amidons résistants, dans les légumineuses mais aussi dans les féculents cuits puis refroidis ; les polyphénols présents dans les fruits et légumes mais aussi le vin, le café ou encore le chocolat ; enfin, les bêta-glucanes de l’orge et de l’avoine. « Et n’oubliez pas que la majorité des fibres se trouvent dans la peau ou l’enveloppe des aliments », prévient Laetitia Proust-Millon.

Chouchouter son microbiote implique aussi de consommer des probiotiques, ces micro-organismes présents dans les yaourts, la choucroute, les fromages, le pain au levain, certains dérivés du soja, et quelques boissons notamment à base de kéfir. Simulateurs de la production de mucine, un composant du mucus intestinal, les probiotiques consolident la barrière intestinale et diminuent les réactions inflammatoires.

Des fruits, des légumes, des légumineuses, un peu de produits laitiers, des céréales le menu ressemble fort au régime méditerranéen. Déjà auréolé de ses effets bénéfiques sur les maladies cardiovasculaires, il est aussi considéré comme favorable à la flore intestinale. Les poissons gras, riches en acides gras polyinsaturés de type oméga 3, pèsent aussi dans la balance puisqu’ils libèrent des substances anti-inflammatoires. Autre piste : la restriction calorique prises alimentaires limitées, jeûne , dans la mesure où elle modifie la composition du microbiote et induit un changement métabolique de la plupart des cellules qui les conduit, de pro-inflammatoires qu’elles étaient, à devenir anti-inflammatoires. Chez la souris, des études ont montré que certaines formes de jeûne seraient efficaces contre les maladies chroniques inflammatoires de l’intestin. Reste qu’un jeûne ne doit être entrepris qu’avec prudence.

Le régime méditerranéen, encore lui, a un autre avantage : il réduit les ennemis du microbiote à la portion congrue. Car il limite la viande rouge, qui favorise l’inflammation à cause de ses acides gras saturés et de sa cuisson à haute température. Ainsi que les aliments sucrés, qui augmentent la résistance à l’insuline des cellules de nos intestins et accroissent la perméabilité intestinale, ce qui peut se traduire par le passage dans le sang de substances toxiques. Ce qui impose de restreindre sa consommation de produits ultra-transformés. Car 70 % des sucres que nous consommons sont aujourd’hui cachés : un bol de chips peut contenir jusqu’à cinq morceaux de sucre ! Autre inconvénient des plats préparés, glaces, sauces et autres confiseries : pour que leur texture soit appétissante, ils nécessitent l’utilisation d’émulsifiants. Or, les preuves sont là : ils augmentent le pouvoir délétère de certaines bactéries, au point de provoquer des pathologies inflammatoires chroniques de l’intestin et même un sur-risque de cancer du côlon. « La transition d’un régime traditionnel riche en fibres vers des régimes riches en gras et sucres largement basés sur des aliments transformés a conduit à une perte de diversité du microbiote intestinal et de bactéries aux effets immunorégulateurs et, à l’inverse, au développement de bactéries aux propriétés plus pro-inflammatoires », déclare Nadine Cerf-Bensussan. Revenir à une alimentation plus saine ne se fait certes pas en un claquement de doigts. Passer de 20 g de fibres par jour en moyenne aux 30 recommandés demande des efforts. Mais la bonne nouvelle, c’est que ce régime ne maintient pas seulement votre microbiote en bonne santé : tout votre organisme vous en saura gré !

Compléments alimentaires : seulement en cas de carence

Une alimentation saine et équilibrée, voilà la recette pour contribuer à la bonne santé de son microbiote et de son système immunitaire. Inutile de prendre des compléments alimentaires, sauf en cas de régime déséquilibré ou de carences avérées. Ce leitmotiv porté par la communauté médicale n’est manifestement pas entendu. Selon les données du Synadiet, le Syndicat national des compléments alimentaires, la vente de produits dédiés aux défenses immunitaires a explosé avec la crise sanitaire : + 221% entre le 24 février et le 30 avril 2020 par rapport à 2019. Une consommation qui peut présenter des risques. L’Anses a mis en garde sur les produits qui « contiennent des plantes possédant des propriétés anti-inflammatoires susceptibles d’agir comme les anti-inflammatoires non stéroïdiens » tels l’aspirine, l’ibuprofène ou encore le diclofénac. Ces plantes (saule, reine des prés, bouleau, peuplier, verge d’or, échinacée, curcuma, griffe de chat) peuvent « perturber les défenses naturelles de l’organisme en interférant notamment avec les mécanismes de défense inflammatoires utiles pour lutter contre les infections« . Faute de preuves solides, l’allégation « contribue au fonctionnement normal du système immunitaire » n’est d’ailleurs autorisée que pour quelques rares vitamines et minéraux (cuivre, zinc, fer, sélénium, vitamines A, B6, B9, B12, C et D).

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