Un an après son émergence, l’origine d’Omicron reste nimbée de mystère

Il y a un peu plus d’un an, un nouveau variant du coronavirus changeait le visage de l’épidémie. En balayant le variant Delta, Omicron s’est imposé dans le monde entier en l’espace de quelques mois. Mais savons-nous d’où vient-il et comment a-t-il émergé ? Une nouvelle étude dans Science perce une partie du mystère.

En novembre 2021, les autorités sanitaires sud-africaines ont partagé l’existence d’un nouveau variant du SARS-CoV-2, baptisé Omicron. Son émergence a bouleversé l’épidémie de Covid-19 au niveau mondial. En quelques semaines, il a envahi l’Afrique, puis le monde entier quelques mois plus tard malgré la restriction de liaisons aériennes depuis et vers l’Afrique du Sud.

Un succès inédit pour un variant dont les origines phylogénétiques demeurent mystérieuses. Très différent du variant Delta, qu’il a détrôné en un temps record, d’où vient le variant Omicron ? Les chercheurs de l’hôpital universitaire de la Charité à Berlin et leurs collègues travaillant aux quatre coins de l’Afrique viennent de publier leur analyse concernant l’ascendance d’Omicron, dans Science. Les ancêtres du variant le plus performant étaient présents bien avant son émergence.

Omicron prend racine en Afrique de l’Ouest

Les chercheurs ont analysé les écouvillons naso-pharyngés de plus de 13 000 personnes venant de plusieurs pays africains entre la moitié et la fin de l’année 2021, fenêtre durant laquelle le variant Omicron semble avoir émergé. Les analyses se sont concentrées sur les mutations propres à Omicron. Il en possède plus de 50 qui le distinguent du SARS-CoV-1 originel, aussi bien dans la protéine S que dans d’autres protéines virales. Le variant Omicron possède une insertion génétique rare chez les autres sous-variants d’Omicron et absente du variant Delta : l’insertion spike 214 EPE ou ins214EPE située dans la partie N-terminale de protéine S. Cette particularité génétique permet d’identifier le variant Omicron BA.1, le premier d’une liste désormais très longue de sous-variants appartenant à cette lignée, avec une spécificité de 98,4 %. 

La première conclusion de cette analyse est qu’il est très peu probable qu’Omicron provienne d’un pays en dehors du continent africain. En effet, les signatures génétiques typiques de BA.1 apparaissent entre la mi-août et la mi-septembre dans les prélèvements de 25 personnes résidant dans six pays d’Afrique de l’Ouest et de l’Est (Mali, Bénin, Kenya, Ouganda, Ghana, et Niger). Ces séquences génétiques pourraient appartenir à des ancêtres d’Omicron, qui n’a fait son apparition qu’en novembre en Afrique du Sud. Les analyses phylogénétiques confirment ses premiers résultats : les ancêtres d’Omicron viennent d’Afrique de l’Ouest et ont voyagé jusqu’au sud du continent en l’espace de quelques mois.

Une évolution complexe

Selon toute vraisemblance, l’évolution d’Omicron n’est pas linéaire, mais implique plusieurs ancêtres qui ont coexisté pendant plusieurs mois en Afrique de l’Ouest, notamment au Bénin. Deux ancêtres d’Omicron auraient circulé en même temps à Cotonou, la plus grande ville du pays, durant le mois d’août 2021 et auraient accumulé de nombreuses mutations dans leur protéine S jusqu’à former une nouvelle lignée.

Une question reste en suspens, ces ancêtres ont-ils évolué dans un hôte animal ou dans l’organisme d’une personne immunodéprimée ? Selon les chercheurs, les motifs de mutations observées chez les ancêtres d’Omicron ne correspondent pas à ceux observés chez les coronavirus qui ont évolué chez les personnes immunodéprimées. « Cela signifie que l’apparition soudaine d’Omicron ne peut pas être attribuée à un saut depuis les animaux ou l’émergence à partir d’une personne immunodéprimée, bien que ces deux scénarios puissent avoir aussi joué un rôle dans l’évolution du virus », explique Jan Felix Drexter, chercheur à l’hôpital universitaire de la Charité de Berlin et premier auteur de l’étude.

Selon Jan Felix Drexter, si Omicron est apparu par surprise, c’est à cause de la grande zone d’ombre épidémiologique que constitue l’Afrique. L’OMS estime que seulement 14 % des infections au coronavirus sont détectées à travers le continent. Les décès suite à la Covid-19 seraient aussi sous-estimés. Sans un renforcement du système de surveillance et de diagnostic des épidémies en Afrique et ailleurs, d’autres variants du coronavirus ou d’autres virus pourraient nous surprendre.