Stephanie
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Le virus originel du SARS-CoV-2, à l’origine de la pandémie de Covid-19 au début de 2020, a disparu depuis longtemps en France, laissant la place à plusieurs variants successifs, jusqu’à ce que le très contagieux Omicron, devienne majoritaire à la fin de décembre 2021. Avec ses différents sous-variants, il a largement contribué à trois vagues d’infections.
L’apparition de ce variant, qui présente de nombreuses mutations par rapport à la souche historique du virus, n’était pas une surprise : la détection par les laboratoires britanniques du variant Alpha fin 2020, la communauté scientifique sait que le SARS-CoV-2 peut muter.
Forte progression du sous-lignage BA.5
Il est possible d’observer la circulation d’un variant sur le territoire français grâce au séquençage : effectuée à partir de prélèvements RT-PCR de malades du Covid-19, cette technique de biologie moléculaire permet de lire le génome complet du SARS-CoV-2 et de détecter de nouvelles mutations. Les données peuvent ensuite être partagées sur la base internationale Gisaid (pour global initiative on sharing avian influenza data, « initiative mondiale sur le partage des données relatives à la grippe aviaire ») ou encore dans le système européen de surveillance TESSy du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).
L’évolution de la part estimée pour chaque variant reste sujette à plusieurs biais (délai de publication, développement tardif du séquençage et évolutions de la stratégie nationale…), mais ces données, actualisées chaque semaine, montrent la progression du variant Omicron en France métropolitaine.
Le tableau ci-dessous recense les caractéristiques des principaux variants, selon la classification de l’OMS, qui baptise chacun d’entre eux avec une lettre de l’alphabet grec, dénomination jugée moins « stigmatisante » que leur origine géographique. Les plus « préoccupants » (ou VoC pour variant of concern) sont listés pour leur transmissibilité, leur virulence ou encore la moindre efficacité des vaccins face à eux. Peuvent s’y ajouter des variants à suivre (VoI, pour variant of interest). Parfois, l’OMS déclasse certains variants lorsque leur circulation dimine.
La technique de criblage, complémentaire au séquençage, permet de surveiller directement les mutations et leur évolution parmi les infections, au lieu de lire l’intégralité du génome du virus. Cette méthode ne permet pas d’identifier les variants, mais a l’avantage de pouvoir être employée à plus large échelle. Début août 2022, environ un quart des tests positifs au SARS-CoV-2 bénéficient d’un criblage chaque semaine, selon les données de SI-Dep, fichier qui recense les tests PCR et antigéniques.
Les derniers résultats montrent la progression de la mutation L452R (ou L452Q). Auparavant, cette mutation était portée essentiellement par Delta, et servait à l’identifier. Elle permet suivre l’évolution de certains sous-variants d’Omicron qui circulent, comme BA.4, BA.5 ou BA.2.12.1.
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